Le film raconte une histoire basée sur des faits réels : le 17 mai 1968, neuf hommes et femmes, dont deux prêtres, brûlent au napalm, dans une petite ville du Maryland, Cattonsville, les archives du Bureau de Recrutement. Dès le mois d'octobre, les neuf sont traduits en justice. Devant un magistrat qui se retranche derrière le seul argument de « la légalité », le Père Daniel Berrigan, le Père Philip Berrigan, Marjorie et Thomas Melville, John Hogan, Georges Mische, Mary Moylan, David Darst, Thomas Lewis et leur défenseur vont tenter de présenter à l'avocat général, au jury, à nous, peut-être à eux-mêmes, les raisons profondes de leur geste symbolique. Tous chrétiens, les neuf expliquent chacun à son tour, leur indignation devant les crimes perpétrés par les États-Unis en Afrique, en Amérique du Sud, et leur résolution de commettre un acte spectaculaire qui ferait prendre conscience à l'Amérique, à tous, de l'aberration de la guerre du Vietnam. Tandis que le jury délibère, les accusés obtiennent le droit de converser librement avec le juge. Ils récusent un tribunal qui se réclame d'une morale jugée par eux inacceptable : « On peut enfreindre la loi pour sauver des vies », soutient l'un des neuf. Mais pour le juge, même si les motivations des accusés sont honorables et justifiées, demeure avant tout le respect de la loi, que les neuf de Catonsville ont bafouée.