Certains extra-terrestres semblent avoir de bonnes raisons de croire que la lumière de Zartha est cachée quelque part sur la Terre. C'est pourquoi la maléfique Serleena arrive sur la planète bleue, afin de ravir avec la "Lumière", le pouvoir sur Zartha. Elle se rend dans une pizzeria new-yorkaise où elle découpe le patron, qui s'avère être un alien. Cette affaire alerte l'agent J, qui, au passage, tombe sous le charme de la serveuse Laura. Mais pour pouvoir faire avancer l'enquête, il lui faut accéder à certaines données qui ne se trouvent que dans la mémoire d'un agent autrefois chargé de l'affaire, quand Laurana, la prêtresse de Zartha, est venue porter la "Lumière" sur Terre, pour la protéger. Cet agent n'est autre que son ancien partenaire K qui, après avoir été flashé, a perdu la mémoire et est devenu un modeste employé des postes. Pendant que J tente de rendre la mémoire à son coéquipier, Serleena s'est emparé du Quartier Général des Men in Black. Il s'agit donc de reprendre le contrôle, tout en essayant d'identifier la mystérieuse "Lumière". La bataille s'engage mal. Mais K révèle bientôt que Laura est la fameuse "Lumière de Zartha" (et pourrait même également être sa propre fille). C'est elle qu'il faut protéger et renvoyer sur sa planète d'origine. Après une ultime bataille contre une Serleena déchaînée, J devra dire adieu à son amour.