Joe Armstrong et son ami Jackson, deux sergents des Rangers, sont envoyés en mission dans une île des Caraïbes. Leur but ? Ils l'apprennent de la bouche du capitaine des Marines : plusieurs de ses hommes ont disparu, sans doute enlevés. A eux de mener l'enquête. Armstrong remarque le comportement étrange de Taylor, un jeune soldat qui a épousé une femme de l'île. Ses soupçons sont confirmés lorsqu'il simule une panne de bateau aux abords d'une plage déserte où Armstrong est alors attaqué par des guerriers Ninja vêtus de noir. Grâce à sa connaissance du Ninjustu, il leur échappe. De retour à la base, il obtient des aveux de Taylor : c'est parce que sa femme est détenue par un certain Lion qu'il doit aider à la capture de soldats américains. Mais Taylor a trop parlé ; il est assassiné et la police soupçonne Armstrong. Lors d'une réception chez le gouverneur où Armstrong et Jackson accompagnent le capitaine, ils font la connaissance de Lion et de son redoutable homme de main, Tojo Ken. Alicia Sanborn y fait un scandale, accusant Lion de séquestrer son père. Ses hommes emmènent la jeune femme tandis que la police cherche à arrêter Armstrong. Aidé de ses camarades, celui-ci s'enfuit et retrouve Alicia. Ils échappent aux guerriers meurtriers et décident d'aller sur l'île de Lion. Sanborn, savant à la recherche d'un remède contre le cancer, s'est vu retirer l'appui financier des Américains quelques années plus tôt. Lion lui a alors apporté des capitaux, mais en échange de la sauvegarde de sa fille il l'a obligé à travailler pour lui. Par des manipulations génétiques pour lesquelles les soldats enlevés servent de cobaye, il crée des « clones » de guerriers Ninja programmés pour défendre l'empire de Lion. Son île est en effet une plaque tournante du trafic de la drogue dans lequel tous les magnats locaux sont impliqués. Pris au piège, Armstrong, le « Ninja Blanc », doit affronter les redoutables guerriers. Alors que Sanborn fait sauter le laboratoire, Jackson et les marines débarquent sur l'île.