Une nuit, Arthur Spiderwick, qui se sait menacé, dissimule son grand oeuvre : «Le Guide du monde merveilleux qui vous entoure». 80 ans plus tard. Helen Grace, fraîchement séparée de son mari, quitte New York pour s'installer dans l'ancienne demeure isolée de sa tante Lucinda. Sa fille aînée, Mallory, et son fils, Simon, s'en accomodent, mais Jared, le frère jumeau de Simon, en veut à sa mère de l'avoir séparé de son père. Après une dispute avec sa soeur, il découvre le bureau de son grand-oncle Arthur, et fait la connaissance de Chafouin, le farfadet qui garde la maison... Par curiosité, Jared lit l'ouvrage d'Arthur. Il ignore que l'ogre Mulgarath est décidé à s'en emparer pour dominer le monde. Simon est enlevé par son armée de gobelins, puis libéré. Avec l'aide de Tête de Lard, qui a juré de se venger de Mulgarath, Jared réussit à convaincre Simon et Mallory de l'existence du «monde invisible», et de l'importance du livre. La maison, protégée par un sortilège, empêche Mulgarath de les assaillir. Mais ils ne peuvent détruire le livre... Ils parviennent à contacter Lucinda, puis rendent visite à Arthur, tenu à l'écart du monde par les sylphes. Mais Mulgarath réussit à prendre d'assaut la maison. Ils tendent un piège aux gobelins, puis Jared pousse l'ogre à commettre une erreur pour s'emparer du livre : il se transforme en corbeau... et finit en dîner pour Tête de Lard ! Les sylphes autorisent alors Lucinda à rejoindre Arthur, tandis que Jared comprend que son père a refait sa vie.