Les Zanoïds, extra-terrestres particulièrement teigneux et généticiens hors-pairs, sont à l'origine du triomphe de la race humaine sur notre planète. Des milliers d'années plus tard, au vingtième siècle, ils reviennent sur terre. Sous les traits du Dr Fulton Balcus, le chef des Zanoïds a installé son laboratoire dans l'immeuble de la société Chronos Corporation et transforme des humains en monstres afin de constituer une armée invincible capable d'aider les extra-terrestres à dominer le monde. Le Dr Segawa, un savant qui travaille pour Falcus, découvre la vérité et décide de se confier à l'agent du FRI Max Reed. Segawa est tué avant d'avoir pu parler. Sean, le petit ami de Misky, la ravissante fille de Segawa, découvre une arme secrète dissimulée par le savant. Il l'active par inadvertance et se retrouve transformé en "Guyer", un super-héros invincible qui met en échec une bande de voyous. Balcus fait rechercher l'arme et enlève Misky qu'il détient prisonnière dans son usine. Usant des nouveaux pouvoirs que lui confère le Guyver, Sean parvient à sauver son aimée des monstres créés par le cruel milliardaire qui est finalement mis en échec.