Crysta, petite fée malicieuse, vit dans la luxuriante forêt tropicale de Femgully et partage son temps entre ses jeux et les leçons de Magi Lune, sage magicienne. Curieuse de tout, Crysta part à la découverte du monde qui s'étend au delà de son univers. C'est ainsi qu'elle rencontre Zak, jeune bûcheron insouciant, venu détruire la forêt grâce à une terrifiante machine. Ayant réduit Zak à sa taille par erreur, Crysta comprend bientôt le danger qui menace son peuple. En effet, Hexxus, entité maléfique, a été libéré par la tronçonneuse des humains et est bien décidé à tout dévaster sur son passage. Aidé par Zak et par Batty Koda, une chauve-souris farfelue évadée d'un laboratoire, Crysta parvient finalement à maîtriser sa magie et à sauver son peuple. Elle rend sa taille à Zak qui retourne auprès des siens pour tenter de dissuader de nouveaux bûcherons de venir menacer la forêt.