Deux ans après s'être séparés (et longtemps après avoir abandonné Scrappy, bébé chien insupportable), Fred le beau gosse vaniteux, Daphné toujours prête à se faire kidnapper, Véra la stratège du groupe et Sammy le propriétaire trouillard du chien Scooby-Doo s'envolent ensemble vers Spooky Island, le parc à thème de Mr Mondavarius, pour résoudre une énigme. Pourquoi les étudiants fréquentant ce parc sont-ils transformés en zombies pendant leur séjour ? Ils ne tardent pas à se faire piéger dans un "château hanté" et ils découvrent le pouvoir magique du Delta Demonis, qu'ils volent. Cela déclenche une attaque nocturne de monstres qui kidnappent Véra, Fred et Daphné. Le lendemain, Sammy tombe dans une caverne, y découvre un chaudron rempli des âmes captives des étudiants, sous la forme de protoplasmes. Il libère celles de ses amis qui reprennent alors possession de leur corps, chassant les monstres qui s'y étaient réfugiés, et décident d'empêcher le rituel de "l'apocalypse noire" qui permettra à Mondavarius de devenir le maître du monde en sacrifiant l'âme pure de Scooby. Les quatre amis s'associent et découvrent que Mondavarius n'était autre que Scrappy, déguisé. Ils parviennent à le déposséder des âmes qu'il tenait captives. Scrappy perd alors ses pouvoirs. Fort de leur réussite, les quatre amis se réconcilient et quittent Spooky Island en héros.