Alors qu'ils effectuent une mission de reconnaissance afin de dénicher un vilain espion éventuel qui surveillerait leurs manoeuvres, le commandant Tom Franklin et le lieutenant Jim Porter tombent sur. devinez quoi ? Le « Nautilus », le célèbre Nautilus que Jules Verne n'avait pas imaginé, mais seulement décrit. Et dans Ie Nautilus, sur devinez qui ? Le capitaine Nemo, vous avez gagné, qui sort, frais comme l'oeil, de son siècle d'hibernation ! Il a déjà tout inventé, Nemo : les missiles nucléaires, le laser, l'écran électromagnétique ; aussi n'est-il guère surpris par les techniques de pointe américaines qu'il découvre à San Francisco où l'emmènent Franklin et Porter. Pour remercier leur chef, Miller, de l'avoir aidé à restaurer le « Nautilus », Nemo prête la main pour se débarrasser du sinistre professeur Cunningham. Une lourde menace pèse en effet sur le monde : du fond du sous-marin, Cunningham menace de faire sauter Washington si on ne lui verse pas la somme d'un milliard de dollars. Nemo contre Cunningham. Le « Nautilus » contre le « Raven ». Aidé de ses robots, Cunningham croit avoir désintégre son adversaire : mais Nemo parvient à intercepter le missile meurtrier avec son laser ! Fureur de Cunningham qui va aussitôt régénérer son réacteur dans la fosse de Mindanao qui grouille de déchets radioactifs. Pour mener à bien cette nouvelle mission, Nemo reçoit l'aide du Dr Cook et de son assistante, Kate. Mais Coole se révêle un traître à la solde de Cunningham, lequel croit, au terme de ce second affrontement, avoir liquidé son ennemi. Mais il s'agissait d'une ruse (subtile) de Nemo, qui, après avoir rebouché la fosse de Mindanao, fonce vers le rêve de sa vie : l'Atlantide ! Il la découvre, enfin. C'est le moment que choisit Cunningham (indéracinable !) pour le faire prisonnier, lui, ses amis, ainsi que le roi Tibor, roi des Atlantes, lui-même dupé autrefois par Cunningham. Cette fois, c'en est trop ! Après s'être délivré d'une fâcheuse posture, Nemo et ses alliés anéantissent l'insupportable Cunningham et rendent le beau roi Tibor à son royaume mystérieux et secret.