Le film retrace assez fidèlement la vie de Michel-Ange et ses rapports avec le pape Jules II, depuis le moment où il commence à travailler à son tombeau jusqu'à celui où il achève les fresques de la Chapelle sixtine. Parallèlement, il brosse un portrait valable de ce pape homme de guerre et mécène, d'abord convaincu d'agir ainsi pour le bien de l'Eglise, prenant cependant peu à peu conscience d'avoir échoué dans la mission qui lui était confiée ; et ceci au contact de la foi profonde, humaine et chrétienne à la fois, du grand artiste. Malgré lui et sur l'ordre du Pape, Michel-Ange se résout à faire de la peinture bien que, selon lui, il ne soit pas peintre. Mais ce qu'il fait d'abord est académique et médiocre. Alors il détruit tout et s'enfuit. Mais, du fond de sa retraite, l'inspiration lui vient d'une fresque grandiose. Alors il va retrouver Jules dans son camp, le convainc de lui laisser les mains libres et se met à l'ouvrage. Il en perd le boire et le manger, jusqu'au jour où il tombe de faiblesse : alors, soutenu par son amie la Contessina Medicis, il se décide à reprendre son oeuvre et à la mener à son terme, malgré l'hostilité de Bramante et de bien des cardinaux. Enfin, Jules II vieillissant, il croit avoir fini ; mais le pape, doucement mais fermement, lui ordonne de peindre le jugement dernier.