La recherche biochimique est sous la coupe d'une seule entreprise mondiale : l'Umbrella Corporation. Dans ses laboratoires souterrains, les bras articulés manipulent des éprouvettes. L'une d'elles se casse. L'alerte générale est donnée avec des conséquences dramatiques : un ascenseur bondé s'écrase, un bureau est inondé, un autre asphyxié, etc. Une jeune femme, Alice, se réveille sans souvenir : elle ne sait ni où ni qui elle est. Un policier, Matt, entre dans sa chambre suivi par un commando masqué et vêtu de noir : il s'agit d'une équipe de sécurité d'Umbrella Corporation, ayant pour mission de reprendre le contrôle de l'ordinateur central Red Queen. Ensemble, ils empruntent un train souterrain. Une partie du commando est éliminée par un rayon laser, et le chef, Wan, est découpé en morceaux. Les survivants sont attaqués par des hordes de morts-vivants : les employés. Matt fait partie des opposants d'Umbrella (qui fait des recherches illégales sur les virus) et Alice se souvient être venue voler un virus. Ils trouvent l'anti-virus et tentent de fuir. Ils sont attaqués par des chiens zombis et une abominable créature. Revenus à leur point de départ, ils sont emmenés. Alice se réveille sur une table d'opération, se libère de ses liens, sort dans une ville en ruine. Elle prend un fusil à pompe et part continuer le combat.