Samuel, Jeffrey et Michael, les trois jeunes enfants de Sam Douglas, un officier du FBI, passent leurs vacances d'été chez leur grand-père. Celui-ci, ancien spécialiste des arts martiaux, les initie aux secrets des mythiques guerriers ninjas : le combat, l'agilité, mais aussi la ruse et l'ingéniosité. De retour chez leurs parents, ils vont pouvoir mettre en pratique l'enseignement reçu : un trafiquant d'armes, Hugo Snyder, ancien associé de leur grand-père, veut enlever les trois enfants. Ainsi, pense-t-il, Sam Douglas et le FBI ne mettront plus le nez dans leurs affaires. Mais c'est compter sans les trois petits "ninjas", rebaptisés pour la circonstance Rocky, Mustang et Ram-Dam, et qui réservent un accueil plein de surprise aux sbires envoyés par Snyder. Après une résistance acharnée, les jeunes guerriers devront pourtant céder, ils sont emmenés sur un bateau, quartier général de Snyder. Là, aidés de leur grand-père venu à leur aide, les trois enfants réussissent à s'enfuir et à neutraliser le trafiquant.