A la fin du vingtième siècle, l'armée et le gouvernement se livrent à des expériences secrètes sur les enfants. Les militaires sont bientôt obligés de bombarder Tokyo pour détruire leurs cobayes dotés de pouvoirs parapsychologiques incontrôlables. Trente ans après l'holocauste atomique déclenché par ces événements, le Japon est, de nouveau, économiquement prospère. La violence et la criminalité régnent sur la mégapole de Néo-Tokyo où un groupe de savants dirigés par le cruel Colonel poursuit ses expériences sur un groupe d'enfants. Un révolutionnaire enlève l'un des gamins. Avant que l'enfant ne soit récupéré par l'armée, il provoque un accident de moto dont la victime, Tetsuo, est conduit au laboratoire. Tetsuo voit ses forces se décupler après sa rencontre avec le « cobaye ». Souffrant de terribles migraines et d'hallucinations, il s'évade, bien décidé à se venger de ses anciens amis qui l'ont autrefois humilié. Repris, il a l'impression qu'Akira, un enfant sacrifié dans les années 80, l'appelle : dépositaire de l'« énergie absolue », Akira est plus puissant que Tetsuo qui décide de l'éliminer. Kaneda, le chef du gang de Tetsuo, se joint à une jeune révolutionnaire pour tenter d'arrêter son ami. Mais Tetsuo ne contrôle plus sa force ; il met Tokyo à feu et à sang tandis que l'armée détruit les restes d'Akira causant une nouvelle explosion atomique. La ville est de nouveau en ruines. Tetsuo et les enfants cobayes ont disparu avec elle : une nouvelle ère va pouvoir commencer.