Après avoir vaincu leur ennemi juré, Shredder, les Tortues Ninja vivent une période de remise en question. Leonardo a été envoyé au Mexique par son père (le rat Splinter) pour un entraînement, Donatello travaille sur une hotline, Michelangelo fait des animations d'anniversaires et Raphael, solitaire, continue à jouer les justiciers de la nuit. April O'Neil, leur amie journaliste, retrouve la trace de Leonardo et le décide à rentrer chez lui. Une légende inca se répétant tous les 3000 ans menace la planète : ayant trouvé une porte donnant sur un monde parallèle, un chevalier demanda la vie éternelle, mais en échange treize monstres furent libérés, et ses quatre compagnons furent changés en pierre. Du haut de sa tour new-yorkaise, le richissime Max Winters vient de trouver le moyen de réveiller ses quatre "frères". Afin de conjurer le sort, les quatre statues récupèrent les monstres, mais comprennent que Winters, empli de remords, veut aussi les priver de leur vie éternelle. Lors d'un combat entre Raphael et Leonardo, dont la mission est de reformer une équipe, ce dernier est saisi par les quatre guerriers qui pensent que Winters ne fera pas la différence avec le 13e monstre. Raphael comprend sa bêtise et part chercher les autres afin de sauver leur frère. Le 13e monstre est trouvé in extremis, l'ennemi est vaincu et Winters peut mourir en paix.