Un joueur de flûte, mystérieusement apparu sur Terre, rencontre une troupe de comédiens. Avec ses nouveaux compagnons qui traversent l'Allemagne de 1349 ravagée par la peste, le jeune homme parvient à la ville épargnée jusqu'alors de Hamelin, où doivent se célébrer les noces de Franz, fils du baron, et de la toute jeune Lisa, fille du bourgmestre. Point d'amour entre les fiancés : Franz et son père attendent surtout la dot de la jeune fille pour financer qui sa campagne militaire, qui une cathédrale, passeport assuré pour le Paradis. Quant à Lisa, elle éprouve plus d'affection pour Gavin, un estropié qui étudie la peinture auprès de l'alchimiste Melius, que pour son futur. Malade à la veille de ses noces, Lisa est tirée de sa léthargie par la musique du joueur de flûte. Le lendemain, lors de la fête qui suit la cérémonie, des rats noirs, annonciateurs de la peste, sortent du gâteau de mariage et provoquent la panique parmi les convives. Pour une somme de mule florins, le joueur de flûte s'offre alors à débarrasser la ville des rats qui l'occupent. Aidé de sa musique, il parvient, en effet, à les noyer. Mais les autorités refusent de lui régler son dû. Pendant ce temps, Franz a fait arrêter Melius qui n'a pu lui fabriquer le faux or qu'il lui avait demandé. Devant la cruauté générale, le joueur de flûte rassemble, durant la nuit, tous les enfants de la ville et, parmi eux, Lisa. Tandis que Melius périt sur le bûcher comme hérétique, il les dirige dans le pays de ses chansons. Emmenant Gavin avec eux, les comédiens quittent Hamelin où la peste fait rage.