Coo est un kappa, une mythique créature de l'eau. Il vit avec son père dans un marais, dans le Japon de l'ère Edo. Une nuit, un notable effrayé tue son père. Un tremblement de terre survient alors, et Coo tombe dans une fissure. De nos jours, Kôichi, un jeune adolescent, trouve un étrange fossile le long d'un canal. Il l'emporte chez lui et le cache à sa famille. En trempant le fossile dans l'eau, Kôichi réveille Coo, dont la mémoire est troublée. Celui-ci est très gêné de perturber le quotidien de la famille de Kôichi, mais il est trop épuisé pour repartir dans la nature. Très vite, il se lie d'amitié avec le chien de la famille, doté de parole, qui tente de le rassurer sur les intentions des humains. La famille s'attache à Coo, mais la rumeur se répand qu'elle héberge un kappa. Photographes et journalistes rôdent autour de la maison. Finalement, Coo demande à toute la famille de l'accompagner dans une émission télévisée. Il y est confronté à un descendant de l'assassin de son père. Submergé par ses souvenirs douloureux, Coo s'enfuit avec le chien. Mais celui-ci est tué par une voiture. Désespéré, Coo veut se suicider : il reçoit alors un message surnaturel de son père, lui signifiant que son heure n'est pas venue. Coo retourne donc vivre auprès de Kôichi et des siens, jusqu'à ce qu'il reçoive une lettre l'invitant à se rendre dans un endroit très reculé. Là, Coo rencontre une autre créature mythique, qui est parvenue à adopter une apparence humaine pour vivre incognito !