Des mutants dotés de pouvoirs surhumains et parfois dangereux apparaissent sur la planète. Aux Etats-Unis, le débat fait rage entre les partisans du recensement des mutants et ceux qui refusent la création d'une sous-catégorie de citoyens, surveillés et contrôlés. Dans l'ombre, deux mutants s'opposent : le professeur Xavier, un télépathe qui a créé une école pour enfants "surdoués", et Erik Lehnsher, qui se fait appeler Magneto et peut transformer le métal par sa seule volonté. Magneto a regroupé un groupe de mutants - Dents-de-sabre, Mystique, et le Crapaud - avec lesquels il veut asseoir la supériorité des mutants. Magneto enlève ainsi Rogue, une jeune élève de Xavier, et un sénateur partisan du "fichage" qu'il transforme en mutant. Mais le sénateur s'échappe et meurt des suites de sa mutation. Xavier et ses principaux élèves, les X-Men, que sont Cyclope, aux yeux lançant un rayon destructeur, Tornade, qui maîtrise les éléments, Jean Grey aux talents télékinétiques et Logan "Wolverine" aux sens et à la force de félin, doté de griffes de métal, comprennent que Magneto veut utiliser Rogue pour qu'elle absorbe ses pouvoirs, et par une diabolique machine, meure en transformant les représentants de l'ONU en mutants. Mais les X-Men contrent in extremis Magneto et ses mutants. Magneto est enfermé dans une prison de plastique. Pour combien de temps ?