D'un côté, les affreux « décepticons », terrifiants, rêvant de destructions. De l'autre, les pacifiques « autobots », guerriers par nécessité défensive. Ces robots dominent l'univers. De peu banals robots, capables de se transformer au gré des circonstances en armes ou véhicules d'une redoutable efficacité. Deux humains existent encore, Spike et son fils Daniel, fragiles créatures protégées par les autobots. Mais voici qu'Unicron, monstre cybernétique géant dévoreur de planètes, menace la Terre et que les décepticons attaquent cette pauvre boule où vivaient les autobots. Le chef de ceux-ci, Optimus Prime, est vaincu, mais parvient, avant de s'anéantir, à confier à son successeur, Ultra Magnus, le « matrix », source de vie et de puissance des autobots. Mégatron, devenu chef des décepticons, est convoqué par Unicron, qui le contraint à se mettre à son service pour préparer ses conquêtes. Les autobots sont dispersés. Certains sont les prisonniers d'un terrible empire, d'autres trouvent refuge sur la planète Poubelle où ils parviennent à fraterniser aves les robots-indigènes. Mégatron attaque à nouveau, détruit Ultra Magnus, s'empare du matrix avant de se révolter contre Unicron. Une révolte qui lui sera fatale ! La résistance des autobots, aidés par les « dignobots », curieux robots préhistoriques, parvient à vaincre les décepticons : Hot Rod, nouveau chef des autobots, a repris le matrix. Après l'offensive victorieuse contre Unicron, la paix régnera, enfin, entre tous les peuples-robots.