Donnie Darko est un adolescent "décalé" et somnambule. Ce 2 octobre 1988, une voix l'appelle pendant son sommeil. Il retrouve Frank, un lapin de carnaval au masque effrayant, qui lui annonce la fin du monde dans 28 jours. Donnie s'éveille sur un terrain de golf. Quand il rentre chez lui, il découvre sa famille paniquée : un réacteur d'avion tombé du ciel est venu s'abattre sur sa chambre. Le lendemain, sur ordre de Frank, Donnie inonde son lycée. Afin de ramener les élèves dans le droit chemin, un gourou moderne, Jim Cunningham, est sollicité. Donnie cherche des explications aux messages de Frank. Il enquête sur les voyages dans le temps, auprès de son prof de physique et de la mystérieuse "grand-mère la mort". Sa psychothérapeute est de plus en plus perplexe. Seule son amie Gretchen semble le comprendre. Obéissant encore à Franck, Donnie incendie la maison de Cunningham, qui est ensuite arrêté pour pédophilie. Les 28 jours ont passé, la fin du monde est pour demain. En l'abscence de ses parent, Donnie organise une fête costumée chez lui. Mais dans la soirée, Gretchen se fait renverser par la voiture d'un des invités, déguisé en lapin. Une tornade se forme, un vortex s'ouvre dans le ciel, et Donnie s'y engouffre. 2 octobre. Gretchen passe devant la maison des Darko, dont le fils Donnie vient d'être écrasé par la chute d'un réacteur d'avion.