Un an après que Pinocchio ait été changé de pantin articulé en petit garçon de chair et d'os par la vertu magique de la Fée bleue, voici que d'étranges forains viennent dresser leurs tentes près du petit village où il vit avec son père Geppetto. Chargé par ce dernier de livrer au maire une précieuse boîte de bois ornée et sculptée, Pinocchio, traversant la fête foraine, tombe entre les pattes de deux êtres malfaisants, le rat Scalawag et le singe Igor. Il se fait évidemment voler l'objet de sa livraison et, trop honteux pour se présenter devant Geppetto, part à l'aventure. Cette fois, il n'a plus pour compagnon le célèbre Jiminy Cricket, mais un ver luisant nommé Willie, offert par sa bonne marraine, la Fée bleue. Avant de retrouver le coffret dont l'Empereur de la nuit se sert comme appât pour le changer à nouveau en pantin de bois, Pinocchio doit affronter de multiples aventures, comme un poisson monstrueux ou une caverne où de vilains petits garçons voient leurs rêves gourmands se réaliser avant de devenir eux-mêmes des marionnettes.