Une petite île de Floride est dévastée par un violent cyclone qui jette la déwlation chez les habitants, pêcheurs déjà très appauvris par une terrible pénurie de poisson au large de leurs côtes. Porter Ricks, obligé d'aller sur le continent faire réparer son bateau, confie à son fils Sandy, 12 ans, le soin d'aider sa mère à remettre en état leur maison. Mais en son absence, le jeune garçon recueille un dauphin blessé qu'il supplie sa mère de soigner. Enfermé dans le vivier, Flipper - c'est ainsi au'il l'a baptisé - retrouve bientôt ses forces. et son appétit. Sandy se donne beaucoup de mal pour lui trouver du poisson et néglige les tâches confiées par son père. Lorsque celui-ci revient, il se fait vertement tancer et doit relâcher Flipper, tout à fait apprivoisé maintenant. Mais il faut vivre : Sandy et son père reprennent la mer et reviendraient encore bredouilles si Flipper ne les entraînait vers une zone poissonneuse qui leur permet de remplir leur vivier. Hélas, celui-ci en retrouve vite le chemin et se régale de leur pêche. Porter décide alors de débarrasser les parages de ces dauphins trop gourmands et s'embarque avec son fusil. Le pauvre Sandy, craignant le pire pour son ami, part à sa recherche en eau profonde. Mais les requins rôdent et menacent l'enfant. Flipper survient à temps, les attaque et sauve son ami qui s'accroche à lui avant de s'évanouir. Il est ainsi ramené vers le bateau de son père, déjà prêt à épauler et Porter se rend alors à l'évidence de l'exceptionnelle amitié qui unit l'animal et l'enfant.