II était une fois quelque part, il y a longtemps, un mystérieux royaume peuplé de paisibles petits hommes, les Nelwyns, vivant dans l'ombre des « géants » voisins, gouvernés par la méléfique Reine Bavmorda, les Daïkanis. Informée de la naissance d'Elora la princesse qui, selon la prophétie, la chassera du trône, Bavmorda ordonne à ses sbires de la retrouver et, à défaut, de tuer tous les nouveaux-nés. Recueillie par Willow Ufgood, un Nelwyn, Elora échappe au massacre. Mais le conseil des petits hommes, inquiet, ordonne qu'on rapatrie le bébé. Le coeur gros, Willow prend alors la route quand bientôt il rencontre Madmartigan, un aventurier aussi charmeur que peu scrupuleux, qui lui propose ses services. Malheureusement la route est semée d'embûches : la guerre fait rage et des soldats patrouillent sans relâche à la recherche d'Elora. Afin d'aider Willow, une ravissante fée lui confie une baguette magique destinée à sa consoeur. Fin Raziel. Celle-ci, prisonnière d'un corps de rat musqué, attend d'être libérée pour contrer les sinistres projets de la Reine. Sitôt fait et flanqués d'une petite année de baroudeurs amis, Willow, Madmartigan et Fin Raziel donnent l'assaut au château de la cruelle Bavmorda qu'ils parviendront à vaincre au terme d'un combat apocalyptique. De retour chez lui, Willow est porté en triomphe.