A la fin de la dernière Guerre mondiale, le capitaine Jinguji qui n'a pas accepté la reddition de l'Empire du Japon, s'est refugié sur une île du Pacifique et, avec une équipe d'ingénieurs et de marins, a mis au point un engin atomique, vaisseau submersible et spatial, « l'Ataragon ». Sa puissance de destruction est immense, grâce à ses canons projetant des gaz congélateurs à moins de 280°. Ainsi, depuis vingt ans, le capitaine Jinguji ne vie que pour venger son pays auquel il voue des sentiments patriotiques maintenant dépassés que ne comprennent plus ses supérieurs, tel l'amiral resté à Tokyo et qui veille sur la jeune Akoto, fille du Jinguji. Menacés d'enlèvement par un mystérieux agresseur venu des profondeurs de la mer, envoyé de l'Empire Mu, continent qui s'effondra il y a 12 000 ans au centre du Pacifique, l'amiral, Akoto et son fiancé partent clandestinement retrouver le capitaine Jinguji. Déception de la jeune fille mise en présence d'un père fanatiquement patriotique qui veut ignorer la menace mondiale que l'Empire Mu, soumis au terrifiant dieu Wanda, dragon invincible, fait peser sur la planète. Et quelle menace ! En effet, New-York, Londres, Tokyo aont bientôt détruite. Devant la puissance de ce cataclysme, Jinguji consent à mettre en action « l'Ataragon » et à arracher à l'Empire Mu sa fille, enlevée en même temps que son fiancé et l'amiral. « L'Ataragon » attaque et le dragon est rapidement congelé à tout jamais. L'Empire Mu étant anéanti, des jours meilleurs s'annoncent pour les survivants de ce drame apocalyptique.