Afin de savoir si son mari, Florestan, fait partie des prisonniers politiques que renferme la forteresse gouvernée par le tyrannique Pizarro, Léonore a réussi à se faire prendre comme aide du geôlier Rocco, après s'être déguisée en homme et avoir pris le nom de Fidelio. Rocco est si content de Fidelio qu'il a décidé de lui donner en mariage sa fille, Marceline, pourtant aimée de Jaquino. Alors que Fidelio a persuadé Rocco de laisser les prisonniers prendre l'air, Pizarro, furieux, décide d'aller lui-même tuer un mystérieux prisonnier qu'il hait particulièrement. Pressentant qu'il s'agit de Florestan, Fidelio descend, avec Rocco dans les oubliettes, pour creuser la tombe de ce prisonnier. Elle découvre alors qu'il s'agit bien de son mari et lorsque Pizarro vient pour le tuer, elle s'interpose, pistolet en main, au moment où arrive un ministre du nouveau gouvernement. Les méfaits de Pizarro sont reconnus et Fidelio a la joie de libérer son mari de ses chaînes en permettant également la libération de tous les prisonniers.