Yokohama 2346. La ville est totalement à la dérive, et dirigée par un maire despote, qui, afin d'endiguer la surpopulation, impose à tous les citoyens de consommer une drogue qui rend stérile. Cependant, une petite communauté tente d'organiser la résistance à cette dictature. Après avoir rencontré un de leurs enfants, Ryu se joint à eux. Ryu est en fait un répliquant, c'est-à-dire un droïde à forme humaine. Les résistants sont traqués par la police du maire. Honda, valeureux officier, participe activement à cette lutte, par sens du devoir et par fidélité au maire. A la suite de la trahison de deux des leurs, les résistants subissent de lourdes pertes. Leur chef est abattu. Sa femme prend alors la tête du groupe, avec l'aide et la protection de Ryu. Plusieurs fois, Ryu est confronté à Honda, mais l'affrontement n'a pas lieu. Honda découvre qu'il est, lui-même, un androïde programmé par le maire pour lui obéir en tout. Il tente de se révolter, mais ne le peut pas. Le combat final entre Ryu et Honda a enfin lieu. Mais avant qu'ils aient pu se départager, une énorme machine de métal, dotée d'un corps surmonté d'un sexe en guise de tête, surgit de nulle part. Elle saisit les deux hommes, et les absorbe. Leurs visages apparaissent dans la carcasse : il sont désormais unis au sein de cette machine. Elle s'appelle D.O.A.