Au tout début du XVIe siècle, Louis XII règne sur la France. Le clergé décide de nettoyer les villes du nouveau mal qui se répand: la syphilis. Lors d'une rafle, une jeune prostituée de 17 ans, Marie-Blanche, est arrêtée, reconnue malade par un tribunal de médecins et condamnée à la réclusion dans une léproserie. Perdu dans la montagne, Saint-Clément consiste en quelques baraquements formant une cour fermée, dans lesquels cohabitent, dans une semi-bestialité, les ladres et les nouveaux venus: syphilitiques et sodomites accusés de propager le mal. Quelques gardiens font régner l'ordre tandis que le "Maître" songe dans son cabinet de travail. Robert Briand, jeune médecin promis à une brillante carrière parisienne, tente de comprendre et de soigner les maladies alors qu'on lui demande de "garder" des malades. Déjà bouleversé par ses pensées, il l'est encore plus par la beauté et la jeunesse de Marie-Blanche. Il évite à la jeune fille le fouet punitif et la fait mettre en quarantaine. Il va tout essayer pour la guérir. Thérèse, sa servante et sa compagne de certaines nuits, le met en garde contre cette passion dévorante. La maladie n'épargne personne et les tribunaux non plus. Un jour c'est une aristocrate, Eléonore, qui arrive à Saint-Clément; elle savait son amant malade mais ne regrette rien. Pour sa propre tranquillité, Robert propose à Marie-Blanche la fuite, puis se ravise et envoie des gardes avec ordre de tuer la fugitive. Mais c'est le corps d'un jeune flûtiste parti à sa place qu'ils ramènent. Semoncé par son père et par les autorités ecclésiastiques pour sa conduite étrange, Robert doit choisir. Après une visite chez un confrère qui ne laisse aucun espoir de guérison, sachant que Marie-Blanche ne le reconnaîtra bientôt plus, il décide de partir avec elle, de devenir son amant et de partager son mal et sa mort.