Dans un jardin sicilien, Panthéa, la fille de l'archonte Critias, et son amie athénienne Delia, évoquent le philosophe Empédocle. Empédocle, le célèbre philosophe "trop aimé des Dieux", "le rêveur redoutable" erre maintenant, abandonné des Dieux, pour avoir oublié la différence entre eux et lui, simple mortel. Panthéa lui voue un véritable culte; c'est lui qui l'a sauvée d'une mort certaine. Critias, hésitant, et Hermocrate, le prêtre, fermement décidé, vont le dénoncer au peuple d'Agrigente et demander son exil. Empédocle, quant à lui, revendique "la dignité de sa souffrance", et son droit à "suivre le sentier sacré de la mort", en se confiant au jeune Pausanias, son fidèle disciple. Persuadés par Hermocrate, les citoyens chassent Empédocle, qui les supplie alors d'épargner Pausanias, et conseille à Critias, pour le bien de Panthéa, de partir avec elle à Délos. Tandis que Panthéa et Délia se lamentent sur son sort, Empédocle part avec Pausanias qui a refusé de la quitter, après d'émouvants adieux à ses anciens esclaves et à sa maison. Tous deux errent douloureusement, méprisés et chassés par tous. C'est alors que Critias, Hermocrate et les représentants des citoyens les retrouvent, pour supplier Empédocle de revenir parmi eux et de reprendre son enseignement. Empédocle, résistant à toutes les prières, refuse et célèbre la mort choisie, qui va le réconcilier avec son destin et le ré-intégrer dans la Nature.