Née en Inde au XIXe siècle, Mary Lennox est une petite Anglaise de dix ans, égoïste, renfermée et délaissée par des parents insouciants. Lorsque sa famille meurt dans un tremblement de terre, elle quitte le pays de son enfance pour habiter chez son oncle dans le Yorkshire. Le sombre manoir est dirigé d'une poigne de fer par une gouvernante acariâtre, Mrs Madiock. L'endroit hanté par les pleurs d'un enfant et le souvenir d'une tante morte il y a dix ans effraie d'abord Mary, habituée au luxe. Aidée de ses deux nouveaux amis, la servante Martha et son frère Dickon, la petite fille décide de rompre le néfaste sortilège qui pèse sur la demeure. Elle rôde dans le gigantesque parc et découvre un jardin secret, fermé depuis la mort de sa jeune tante. Au hasard de ses recherches, elle se lie aussi d'amitié avec un enfant geignard, son cousin Colin. Ce petit hypocondriaque est abandonné par son père inconsolable. Contre l'avis de la gouvernante, elle décide de le sortir de son apathie. Tous deux, en redonnant vie au jardin secret, apprendront à s'aimer et à s'entraider, pour le bonheur de tous les habitants du manoir qui retrouveront goût à l'existence.