Souris domestique, Roddy St James profite des vacances de ses maîtres pour jouer seul dans son luxueux appartement. Mais voici que débarque Sid, un rat arrivé par hasard. Pour s'en débarrasser, Roddy tente de le jeter dans les toilettes, mais se fait piéger et se retrouve, lui, dans les égouts. Il découvre alors Souris City, une ville souterraine peuplée de souris. Pour retrouver son chez-soi, il tente d'engager la capitaine Rita, casse-cou propriétaire d'un bateau. Il se retrouve alors enlevé par erreur par le Crapaud, un caïd royaliste désirant récupérer un diamant volé par Rita. Cette dernière et Roddy s'enfuient, emportant avec eux un câble. Roddy prouve à Rita que le diamant est un faux. Il lui propose un marché : si elle le ramène chez lui, il lui donnera de vrais diamants, qui appartiennent à ses maîtres. Mais le Crapaud veut absolument reprendre le câble, et engage pour cela son cousin français, Ze Frog. S'ensuit une course poursuite, dont Roddy et Rita sortent vainqueurs. Roddy retrouve son appartement et doit avouer à Rita qu'il y vit sans famille ni amis. Rita partie, Roddy comprend le plan du Crapaud : se servir du câble pour activer un système qui inondera Souris City. Il retourne dans les égouts et intervient à temps pour sauver Rita. Le système est activé, mais Roddy arrête l'eau en lançant du gel frigorifiant sur la vague.