Malgré la mort de Megatron, les Decepticons continuent d'apparaître sur Terre. Sam, de son côté, veut redevenir un garçon normal et aller à l'université. Il y rencontre Leo, qui possède un site Internet qui regorge de rumeurs sur les "robots aliens". Pendant ce temps, un émissaire du gouvernement annonce à l'armée et aux Autobots qu'il compte rompre leur alliance. Sur le campus, après avoir été en contact avec un résidu du Allspark, Sam est victime de visions. Il est harcelé par une jeune étudiante, Alice, qui se révèle être un Decepticon infiltré. Avec l'aide de sa copine, Mikaela, Sam s'enfuit accompagné de Leo. Les Decepticons arrachent le dernier morceau restant du Allspark à l'armée et s'en servent pour ressusciter Megatron. Megatron utilise alors Sam pour attirer Optimus Prime dans un piège, et le tuer. La mort de ce dernier va permettre au plus ancien Decepticon, The Fallen, de ressurgir au grand jour. Sam comprend que ses visions lui indiquent l'emplacement d'une machine, construite par les ancêtres des Transformers des siècles plus tôt, capable d'absorber l'énergie du Soleil. Aidés par Simmons et Jetfire, un vieux Decepticon pacifiste, Sam et ses amis se retrouvent en �0gypte. Là-bas, une bataille s'engage entre l'armée et les Autobots, qui tentent de protéger Sam, et les Decepticons. Sam réussit à ressusciter Optimus, qui stoppe la machine et tue The Fallen. Megatron prend la fuite...