XVIIe siècle. Une lettre du Père Ferreira, jésuite parti au Japon pour évangéliser la population, arrive au Portugal et témoigne des persécutions qu'y subissent les chrétiens. Or, une rumeur s'est installée : Ferreira aurait apostasié et se serait marié. Sebastião Rodrigues et Francisco Garupe, deux anciens disciples de Ferreira, refusent d'y croire et partent au Japon. Un Japonais alcoolique, Kichijiro, les fait entrer dans le pays et leur fait rencontrer la communauté secrète des chrétiens du village de Tomogi. Bientôt, celui qui se fait appeler « l'inquisiteur » arrive au village. Il torture et crucifie trois villageois qui ont refusé de renier leur foi. Pensant que leur présence menace le village, les deux prêtres s'en vont, chacun dans une direction différente. Rodrigues se rend sur l'île de Goto, où il retrouve Kichijiro, qui le trahit. Arrêté par l'inquisiteur, Rodrigues est transféré à Nagasaki. Il y est bien traité, mais assiste aux persécutions des prisonniers chrétiens pour le faire apostasier. Sous ses yeux, Garupe, qui a été arrêté, meurt en essayant de sauver de la noyade des prisonniers. Enfin, Rodrigues est confronté à Ferreira, qui confirme son reniement et l'incite à l'imiter. Rodrigues, pensant entendre la voix de Dieu l'y autoriser, apostasie. Plus tard, il est marié et travaille avec Ferreira pour les Japonais. Des années plus tard, Rodrigues meurt. Dans le cercueil japonais dans lequel il va être incinéré, il tient un crucifix au creux de sa main.