En mission à Paris, H et High T, Men in Black, anéantissent la Horde, espèce extraterrestre hostile. Vingt ans plus tôt. Enfant, Molly découvre, par hasard, l'existence des Men in Black, qu'elle rêve dès lors d'incorporer. Adulte, elle s'introduit dans leurs bureaux, où elle convainc l'agent O de la recruter. Sa première mission, en tant qu'agent M, la conduit à Londres, où elle rencontre H. En dépit des réserves de C, qui doute des compétences de H, High T envoie celui-ci veiller sur Vungus, un Jababien allié. M l'accompagne. Mais deux extraterrestres, des Dyads, assassinent Vungus, lequel a remis à M un mystérieux objet. M soupçonne l'existence d'une taupe à l'agence. High T charge M et H de poursuivre leur enquête, qui les conduit à Marrakech, où ils recueillent Pawny, survivant d'un groupe d'aliens décimés par les Dyads, et échappent à un piège tendu par d'autres Men in Black. Car C, ayant appris que M dissimulait l'objet - une arme surpuissante, convoitée par les Dyads - remis par Vungus, la soupçonne d'être la taupe. Après que M et lui se sont faits dérober l'arme, H devine qu'elle va être revendue à Riza Stavros, son ex, trafiquante d'armes. H et M parviennent à lui reprendre l'objet. Les Dyads les attaquent, mais High T intervient et les tue. Mais M comprend que High T est la taupe, et qu'il compte remettre l'arme à la Horde. Des années plus tôt, la Horde avait transformé High T en l'un des leurs. High T avait fait croire à H qu'ils avaient vaincu la Horde. H, M et Pawny viennent à bout de High T et de la Horde.