Nick et Judy enquêtent sur une trace de serpent, provenant d’une espèce qui a disparu de Zootopie depuis sa création, il y a cent ans. Au gala d’anniversaire, un serpent vole le journal du fondateur de la ville, Ebenezer Lynxley, et disparaît dans la pagaille causée par Judy et Nick. Ils parviennent à s’échapper mais doivent se cacher de la police, qui les pense complices du serpent. Un castor, Nibbles, les conduit à Jesus, un lézard du marais qui explique qu’un secret est caché dans la couverture du journal. En suivant le serpent, Nick et Judy sortent de la ville jusqu’à une montagne et découvrent au sommet, dans un hôtel abandonné, que les serpents vivaient autrefois à Zootopie. La police débarque ; Nick est capturé, Judy est sauvée par le serpent et son complice, Pawbert, petit-fils d’Ebenezer Lynxley, qui les conduit à son repaire. Judy apprend que Zootopie a en réalité été fondée par Agnès, la grand-mère du serpent, Gary, tuée par Ebenezer Lynxley, et que le brevet le prouvant est caché dans l’ancien quartier des reptiles, désormais enfoui. Pour le retrouver, ils rallument un vieux phare, mais Pawbert retourne sa veste, empoisonne Judy et confronte Gary au blizzard. Grâce à Nibbles, Nick réussit à les rejoindre, sauve Judy et ils poursuivent Pawbert, qu’ils neutralisent. Le brevet est retrouvé, les Lynxley sont incarcérés, le quartier des reptiles est restauré, et Nick et Judy sont décorés.