Michi fait partie d'un groupe d'informaticiens. L'un d'eux, Taguchi, doit leur remettre une disquette, mais n'a plus donné signe de vie depuis plusieurs jours. Michi se rend chez lui, et le retrouve pendu. En ouvrant la disquette qu'il leur a laissé, Michi et ses collègues découvrent d'étranges images de Taguchi. Ces images troublent bientôt le comportement de ceux qui les ont vues. L'un d'eux découvre une zone interdite où il est confronté à un fantôme. Peu après, il se suicide. Pendant ce temps, Kawashima, un étudiant, se branche pour la première fois sur internet. D'inquiétantes images apparaissent automatiquement sur son écran, suivies d'une invitation à rencontrer un fantôme. Il essaie de comprendre et fait ainsi la connaissance d'Harué. Celle-ci lui permet de réaliser l'ampleur du phénomène. Incompréhensibles, les apparitions des fantômes et les disparitions des vivants se répandent dans Tokyo comme un virus. A force de chercher à comprendre, Harué se retrouve elle-même face à un fantôme. Tout de suite après, elle disparaît. Kawashima part à sa recherche. Sur son chemin, il rencontre Michi. Ensemble, ils retrouvent la trace d'Harué, mais elle se suicide sous leurs yeux. Kawashima rencontre à son tour un revenant. Avec Michi, traversant un Tokyo fantomatique, ils rejoignent un bateau où se réfugient ceux qui ont choisi la vie.