Bruce Wayne, tourmenté par le souvenir du meurtre de ses parents milliardaires, erre comme un vagabond à travers le monde. Il rencontre le mystérieux Ducard qui lui enseigne les techniques de lutte ninja. A la fin de sa formation, Ducard lui propose de rejoindre la Ligue des Ombres, une puissante organisation secrète dirigée par l'énigmatique Ra's Al Ghul, adepte de la justice punitive. Bruce refuse et affronte la Ligue des Ombres. Ra's Al Ghul périt, mais Bruce sauve Ducard. De retour à Gotham City, Bruce devient Batman avec l'aide d'Alfred, le majordome de la famille Wayne, et de Fox, responsable des recherches en armements de la Wayne Entreprises. Sa première intervention permet à la police d'incarcérer Falcone, le parrain de Gotham. Mais le docteur Crane, alias L'�0pouvantail, teste sur le malfrat une puissante toxine capable de libérer les peurs et parvient à le faire interner. En se rendant à l'asile pour interroger Falcone, Rachel, substitut du procureur et amie d'enfance de Bruce, se fait administrer par Crane une dose de toxine mortelle. Batman parvient à la sauver grâce à un antidote fabriqué par Fox. Ducard, en fait le véritable Ra's Al Ghul, complice de L'�0pouvantail, apprend à Bruce que la Ligue des Ombres veut détruire Gotham en répandant dans l'air la toxine. Au terme d'une lutte intense, Batman parvient à sauver Gotham.