En pleine nuit, Peter Parker, 6 ans, est déposé par ses parents, forcés de fuir en catastrophe, chez son oncle Ben et sa tante May. Quelques années plus tard, Peter est devenu un lycéen aussi timide que brillant. Ayant retrouvé des documents cachés par son père, il se rend à un séminaire du docteur Connors, un des anciens collègues de celui-ci, avec lequel il avait entamé de grandes recherches sur les croisements d'ADN entre animaux et humains. Dans les laboratoires, Peter se fait piquer par une araignée. Très vite, son corps se modifie, et ses nouveaux pouvoirs apparaissent. Devenu l'assistant de Connors, il lui livre la formule de son père, qui lui permet de compléter ses travaux. Une nuit, Peter laisse fuir un voleur, qui tue accidentellement son oncle Ben. ì partir de ce jour, il part à la recherche de l'assassin, pour se venger... Il se crée un costume, et devient Spider-Man. Tandis que Peter flirte avec Gwen Stacy, fille du commissaire de police, le docteur Connors, pressé par son employeur et espérant faire repousser son bras manquant, s'injecte une solution d'ADN de lézard... L'expérience tourne mal et le professeur devient Le Lézard, un monstre hybride et fou. Après plusieurs affrontements, Spider-Man parvient à guérir Connors, alors qu'il s'apprête à contaminer toute la ville avec son sérum. Mais le père de Gwen est tué. Peter, assumant pleinement son rôle de justicier, se tient à l'écart de Gwen, afin de ne pas la mettre en danger.