Alors que Jason Bourne tente de sauver le journaliste Simon Ross, un homme entame un périple dans les montagnes de l'Alaska. Il rencontre N°3, un collègue du projet Outcome dans un chalet. Les actions de Bourne poussent une antenne de la CIA, dirigée par Eric Byer, à interrompre Outcome : tous les sujets du projet sont éliminés. Pris pour cible, l'homme assiste, impuissant, à la mort de N°3 dans l'explosion du chalet. Cet homme, c'est Aaron Cross : le meilleur sujet du projet Outcome. Laissé pour mort par sa hiérarchie, Aaron est dépendant de ses médicaments, qui viennent à manquer. Son addiction le pousse à retrouver la trace de Marta Shearing, une scientifique dans un grand groupe pharmaceutique qui assurait le suivi médical des sujets d'Outcome. Alors qu'une équipe de Byer tente de la "suicider" chez elle, Aaron surgit et la sauve. Ensemble, ils partent à Manille, où se trouve le virus souche qui a servi de base aux pilules augmentant les capacités intellectuelles d'Aaron. Marta parvient à inoculer le virus à Aaron, alors qu'il perd ses facultés mentales. Mais les hommes de Byer sont à leurs trousses. Byer décide d'activer Larx N°3, un projet officiellement à l'état d'ébauche, mais déjà opérationnel. Incapable de ressentir douleur ou empathie, Larx N°3 poursuit Aaron et Marta dans les rues surpeuplées de Manille. Aaron blessé, c'est Marta qui le met hors d'état de nuire. Ils peuvent prendre la fuite, tandis que Pamela Landy va témoigner sur les agissements de Bourne.