Ben Kendall dirige un service du FBI qui emploie des animaux pour des missions secrètes. Ses meilleurs alliés sont la "Mission-G" : trois cochons d'Inde surentraînés - Darwin, Juarez et Blaster - assistés par la taupe Speckles. Les cochons d'Inde parviennent à subtiliser un fichier important au puissant industriel Saber. Ils découvrent que ce dernier s'apprête à transformer tous les appareils ménagers commercialisés sous sa marque en engins de guerre. Kendall veut dévoiler cette information aux agents du FBI afin qu'ils valident son projet avec les animaux, mais le fichier disparaît et les agents décident de capturer les animaux. Les cochons d'Inde s'enfuient et se retrouvent, par mégarde, dans la cage d'une animalerie. Juarez et Blaster se font adopter par deux enfants, et Speckles est mis à la poubelle. Darwin subit les commentaires de Hurley (un gros cochon d'Inde persuadé d'être son frère) et Mooch, un hamster. Puis il s'échappe, suivi par Hurley. Ils retrouvent Juarez et Blaster au domicile de Kendall. Grâce à des cafards, ils récupèrent le fichier de Darwin, mais celui-ci a été attaqué par un virus. Sur le point d'être arrêtée par le FBI, la Mission-G réussit à gagner du temps, dans le but d'empêcher les projets de Saber. Ils découvrent que le cerveau de l'opération n'est autre que Speckles, qui veut se venger des humains. Darwin parvient à le faire changer d'avis et le FBI, reconnaissant la contribution des cochons d'Inde, officialise la Mission-G.