Depuis la disparition du vaisseau stratosphérique « Nostromo », deux rescapés, l'officier Ellen Ripley et son chat, dérivent lentement à bord d'une capsule de survie. Un jour, une navette spatiale les croise et les ramène à la Station Gateway. La dérive a duré 50 ans. Ripley est aussi jeune qu'au départ mais sa fille, sa famille, ses amis ont disparu. Elle comparaît devant une commission d'enquête pour témoigner sur la disparition de « Nostromo ». Sa déposition n'engendre qu'incrédulité. La planète qui, selon elle, serait l'antre des Aliens abrite des colons qui n'ont jamais rien aperçu. Un peu plus tard, le contact est perdu avec Acheron. Un commando de marines et Burke, scientifique, sont dépêchés sur place. Ce dernier demande à Ripley de se joindre à eux comme conseillère technique. Elle accepte. Le commando déposé par un vaisseau impressionnant investit Acheron où il ne découvre qu'horreur et désolation. Aucune trace de vie, sauf une petite fille terrorisée, Newt, que Ripley prend sous sa protection. Progressant dans un labyrinthe de type organique, les marines découvrent les restes des pionniers, phagocytés dans des cocons gélatineux, agonisants, ventre ouvert. Les soldats détruisent le labyrinthe au lance-flamme. Alors surgit de partout la multitude grouillante des Aliens, visqueux et effrayants. Six marines disparaissent ; la navette qui les reliait au vaisseau explose ; les survivants, isolés, se réfugient dans un laboratoire préservé. Une rivalité mortelle s'établit entre Burke et Ripley. Les Aliens attaquent. Newt est kidnappée. Bientôt ne restent que Ripley et un androïde, Bishop. Ils parviennent à récupérer Newt et à grimper dans la navette de secours, mais la reine-mère des monstres les y poursuit. Dernier et homérique combat. Le monstre disparaît dans le vide interstellaire, après avoir disloqué Bishop. Tandis que le vaisseau ramène les deux survivants vers la Terre, Acheron se désintègre, détruisant à jamais ces monstres malfaisants.