Six ans après la première apparition des Gremlins à Kingston Falls, Billy Peltzer et sa fiancée Kate se sont installés à New York. Tous deux travaillent dans le building ultramoderne du milliardaire Donald Clamp et rêvent de gagner assez d'argent pour se marier. Billy croit alors reconnaître la voix de Gizmo, le gentil Mogwaï, venant d'un laboratoire de génétique situé dans l'immeuble. En effet, le ravissant animal a été kidnappé par le cruel Dr Catheter après la mort de son vieux maître chinois. Billy sauve Gizmo et le cache dans son bureau. Aspergé par un réparateur maladroit, l'animal donne naissance à une ribambelle de Gremlins particulièrement agressifs qui sèment la terreur dans le building. L'un d'eux, doué de la parole après une mutation génétique, prend la direction des opérations et menace de s'en prendre à la ville tout entière. Billy s'insurge contre ce projet. Murray Futterman, habitant de Kingston Falls en visite à New York, Grandpa Fred, présentateur de films d'horreur vieillissant, et Donald Clamp lui-même l'aident à détruire les Gremlins en les électrocutant. Devenu le favori du milliardaire, Billy voit sa situation professionnelle s'améliorer ; il va pouvoir épouser Kate et garder Gizmo.