Nous sommes à la fin de la Seconde Guerre mondiale, sur le front grec. Le jeune soldat allemand Stroszek, en convalescence, est envoyé dans la petite île de Kos, accompagné de sa femme Nora - une infirmière grecque qu'il vient d'épouser - et de deux camarades. Becker, philologue, amateur d'inscriptions anciennes et Meinhard, conducteur de grue sur des chantiers. Ces trois hommes, peu faits pour s'entendre, ont mission de garder le tort de l'île où sont entreposés des munitions et explosifs contre toute entreprise des partisans grecs. Cette vie de semi-claustration, dans ce climat méditerranéen brûlant et desséché sera particulièrement pénible pour Stroszek. De brèves promenades à travers le village et le port, une mission de reconnaissance dans les collines plantées d'oliviers où vivent de pauvres bergers, une descente vers des jardins irrigués par une multitude de moulins à eau, seront les quelques évasions de ces soldats allemands plongés dans un univers dépaysant. Malgré les soins dévoués de la jeune Nora qui tente, par sa calme présence, ses repas bien préparés, d'établir un climat harmonieux entre les trois hommes, des querelles éclatent. Les signes de folie manifestés par Stroszek vont bientôt s'amplifier. Un fusil à la main, il menace sa jeune femme et ses camarades qui s'enfuient au village. Le commandant allemand décide de cerner le fort et de tenter de capturer le dément qui dispose d'une grosse quantité de munitions et d'explosifs et risque de faire sauter tout le village. Bientôt Stroszek donne un feu d'artifice gigantesque à la population terrorisée, qui reçoit l'ordre d'évacuer le port, et ce n'est qu'au terme d'une nuit d'alarme que Stroszek est abattu.