Simon Ross, un journaliste anglais, s'apprête à publier un article sur le programme "Blackbriar", déclinaison de "Threadstone" consistant à former de nouveaux super-tueurs comme Jason Bourne. Ayant fui Moscou, ce dernier est repéré par la CIA en contactant le journaliste, qui est abattu. Du coup, Bourne est considéré comme une menace grave par le directeur Ezra Kramer, et par le directeur des opérations spéciales, Noah Vosen. Pour l'éliminer, Vosen recrute, plus ou moins contre son gré, Pamela Landy, qui avait tenté précédemment de négocier avec Jason. Aperçu à Paris, puis à Londres, Jason échappe à une équipe de tueurs au siège de la CIA à Madrid, et y retrouve Nicky Parsons, qui avait servi d'intermédiaire à Berlin. Ils font équipe et réussissent à atteindre Tanger, à la poursuite de l'agent Neal Daniels, qui détient des preuves concernant le dossier Blackbriar, et le passé de Jason. La CIA envoie en même temps le tueur Desh pour éliminer Daniels. Il accomplit sa mission, mais Jason le tue ensuite. Après avoir mis Nicky en sécurité, Jason se rend à New York et s'introduit habilement au siège de la CIA, où il réussit à forcer le coffre-fort de Vosen, puis à en confier le contenu à Pamela. Il rejoint l'immeuble où le Dr. Hirsch l'a soumis jadis à un traitement inhumain, lui donnant l'identité de Bourne. Vosen surgit et tire sur Jason qui tombe dans l'East River. Grâce aux documents, les responsables de Blackbriar sont jugés. Jason, lui, a survécu...