Un étrange marin confie à un enfant, Jim, la carte d'une île au trésor qu'il obtint du Capitaine Flint, pirate célèbre. Billy, avant de mourir, a conseillé à Jim de se méfier d'un marin à la jambe de bois, surnommé Long John. Jim persuade le Capitaine Smollett, le Dr Livesey et Mr. Trelawney, de l'importance de l'enjeu, car les anciens pirates de Flint cherchent par tous les moyens à s'approprier la fameuse carte. Jim et ses amis affrètent un navire, sur lequel Long John et quelques sbires, peu recommandables, réussissent à s'embarquer. Une nuit, Jim, caché dans un tonneau, a la preuve flagrante que Long John fomente une mutinerie. Dès que le navire parvient à l'île, Long John descend à terre et élimine les comparses peu enclins à lui obéir. Le Dr Livesey et les affréteurs du bateau décident de se réfugier dans le fortin bâti sur l'île, en attendant l'attaque des pirates qui a lieu peu après. Jim rencontre sur l'île Ben Gunn, un naufragé misérable qui se dit fort riche. Grâce à lui, l'enfant se rend sur le bateau pirate qu'il réussit à cacher aux yeux des forbans. Mais à son retour, Jim trouve le fortin occupé par Long John et sa bande. Il se voit donc contraint de les accompagner à la cachette supposée du trésor, où une voix sépulcrale les terrorise. Seul, Long John devine qu'il s'agit de Ben Gunn. Profitant d'une discussion entre les pirates, les amis de Jim redressent la situation et découvrent le trésor. Ils repartent ainsi, payés de leurs efforts, et n'en voudront pas trop à Long John, qui s'évadera en emportant une part substantielle du butin.