Jim est un petit garçon bien sage qui vit avec sa maman sur la planète Mandragore. Tous les soirs, il s'endort en lisant les aventures du capitaine Flint et de son trésor enfoui sur une planète, quelque part au fin fond de l'univers. Douze années se passent et Jim est devenu un adolescent frondeur. Un jour, un vaisseau en perdition s'écrase près de l'auberge de sa maman. En portant secours à son occupant, il hérite d'une sphère étrange. Le soir même, l'auberge est dévastée par des pirates. Jim, sa mère et le Dr Doppler n'ont que le temps de fuir. Réfugiés chez le docteur, ils découvrent que la sphère est la carte menant à la planète du Capitaine Flint. Doppler organise l'expédition. Un navire est équipé. La capitaine confie Jim au cuisinier, un cyborg nommé Silver et auquel Jim, un jour, sauve la vie. La planète en vue, Silver fait éclater une mutinerie. La capitaine, le docteur et Jim trouvent refuge sur la planète dans la grotte d'un robot. Capturés par Silver, ils découvrent le trésor. Le robot révèle à Jim que toute la planète est une immense bombe qui explose quand on trouve le trésor. Il faut fuir en catastrophe. C'est Jim qui trouve la solution pour regagner sans encombre Mandragore. Avec les pierres que lui offre Silver, il reconstruit une belle auberge pour sa maman.