En Russie, une bande d'ultra-nationalistes s'empare d'une base de lancement de missiles nucléaires et menace d'en faire un usage réprouvé par la loi. Les Etats-Unis dépêchent sur place l'USS Alabama, le plus puissant sous-marin nucléaire de l'armée de l'Oncle Sam. En faisant route vers la dite base, les officiers font connaissance. Le commandant Ramsey, qui se définit comme "un salaud primaire", est un officier émérite, bardé de médailles glanées au combat ; son second, le lieutenant Hunter, est bardé de diplômes glanés dans les grandes écoles. Différence de style, différence de philosophie.Le submersible a pour mission de riposter à toute attaque nucléaire, Ramsey dirige son bateau d'une main de fer. Très vite, entre Ramsey le chevronné et Hunter le diplômé, apparaissent des divergences de vues sur leur mission. Lorsque l'ordre de faire feu parvient à l'USS Alabama, les deux hommes réalisent le poids de leur responsabilité. Le tir de missile équivaut à déclencher la troisième guerre mondiale, une guerre nucléaire totale entre puissances surarmées. Un second message parvient. indéchiffrable. Hunter exige de vérifier la teneur de ce message. Ramsey refuse. Hunter le met aux arrêts. Ramsey, aidé de plusieurs officiers, prend les armes et se mutine. Hunter fomente une seconde mutinerie. Mais à une minute du lancer, le second message arrive, décrypté, annulant le tir. Hunter et Ramsey passent en cour martiale. Ramsey est mis en retraite. Hunter muté.