Le cruel Maltazard est parvenu à quitter le monde des Minimoys pour celui des humains. Les Minimoys, Arthur, Sélénia et Bétamèche décident de le combattre. Tous trois se mettent en route pour la maison d'Arthur, où ils espèrent récupérer un élixir qui les fera grandir. Maltazard va trouver un chirurgien esthétique et le convainc de lui refaire le visage. Dans les tuyaux de canalisation, Arthur et ses amis essaient d'échapper à Darkos, le fils de Maltazard. Ce dernier se rend dans la maison d'Arthur, dont il épouvante les parents et oblige le grand-père, Archibald, à lui remettre l'élixir, grâce auquel il fait grandir son armée. Arthur, Sélénia et Bétamèche poursuivent Maltazard, laissant Darkos, devenu leur complice. Ils s'arrêtent dans une ruche, où ils demandent à la Reine de fabriquer un nectar qui fera grandir Arthur. Pendant ce temps, les pompiers, appelés par le père d'Arthur, s'apprêtent à enfumer la ruche. Arthur parvient à communiquer avec sa mère, qui stoppe les pompiers. Arthur avale le nectar et retrouve sa taille humaine. L'armée de Maltazard attaque la ville. Maltazard capture Arthur et Archibald, qui réussissent à se libérer. Grâce à Sélénia, une abeille pique Maltazard avec un élixir qui le fait redevenir Minimoy, et la ville est libérée des ennemis. Arthur se réconcilie avec son père. Maltazard vit désormais sous cloche dans la cuisine familiale.