Ripley s'est suicidée après avoir été fécondée par un Alien. Quelques siècles plus tard, à bord de la station spatiale Auriga, une équipe de généticiens dirigée par Gediman a ressuscité la jeune femme en croisant son ADN avec celui d'un Alien. Séparée de son foetus, une Reine Pondeuse, Ripley qui possède désormais des caractéristiques propres aux extraterrestres, est emprisonnée. Tandis que les généticiens pratiquent un véritable élevage d'Aliens qu'ils ont bien l'intention de ramener sur Terre, un groupe de mercenaires ravitaillant l'Auriga débarque dans le vaisseau. Parmi eux, Call une jeune Androïde dont la mission consiste à éliminer Ripley et les extraterrestres. A la suite d'une fusillade entre soldats et mercenaires, les Aliens en profitent pour se libérer. Ils ne tardent pas à proliférer et à massacrer tous ceux qui croisent leur route. Ripley dont l'attitude équivoque suscite la méfiance, prend alors la tête d'un petit groupe de survivants pour tenter de gagner le Betty, vaisseau des mercenaires, et détruire l'Auriga qui fonce sur la Terre avec sa cargaison d'Aliens. Tombée dans l'antre organique de la Reine Pondeuse, Ripley assiste alors à l'accouchement d'un nouvel Alien hybride mi humain mi extraterrestre. Elle rejoint, in extremis, le Betty avant la destruction de l'Auriga mais l'Alien hybride s'est introduit dans le vaisseau et menace les survivants. Grâce à son sang acide, Ripley fait exploser un hublot et le monstre est aspiré et déchiqueté dans l'espace peu avant le survol de la Terre...