Gandahar est menacé: de plus en plus fréquemment, des "hommes-métal" venus d'on ne sait où enlèvent hommes, femmes, enfants après les avoir pétrifiés. La Reine et le Conseil de la planète vont charger Sylvain de découvrir d'où viennent ces terribles envahisseurs. La tâche de Sylvain est difficile, d'autant plus que le voici aux mains des "Transformés", habitants de Gandahar mis à l'écart, contraints de vivre cachés, victimes de manipulations génétiques ratées. Sylvain reprend bientôt sa route et son destin croise celui de la belle Airelle. Tous deux vont alors découvrir le sens du message délivré par les Transformés: "dans mille ans Gandahar a été détruite; il y a mille ans elle sera sauvée". Un cerveau immense, le "Métamorphe", produit, lui aussi d'expériences incontrôlées, "vit" sur une mer lointaine. Mille ans après, il dégénère et, pour survivre, se nourrit de la substance même de Gandahar, ses habitants. Les hommes-métal, venus du futur, sont ses pourvoyeurs. Lorsque Sylvain le rencontre une première fois, le Métamorphe encore jeune prévoit sa déliquescence future et demande au jeune gandaharien d'hiberner pour qu'il le supprime mille ans plus tard. Lorsque les mille ans se sont écoulés, le Métamorphe a changé d'avis... Gandahar va être détruite. Avec l'aide des Transformés, Sylvain viendra à temps à bout du Métamorphe et de ses émissaires. Gandahar vivra. Et les "exclus" y auront peut-être, enfin, droit de cité.