Shrek et Fiona, de retour de leur voyage de noces, découvrent que l'�ne a investi leur marais, mais aussi que les parents de Fiona attendent de rencontrer leur gendre. Des parents qui ignorent que le prince charmant de leur fille est un ogre. Après un long voyage, le roi Harold et la reine Lillian découvrent la vérité. Alors que les femmes tentent de faire des efforts, Shrek et Harold se refusent à toute concession. La fée marraine de Fiona, qui est aussi la mère du Prince Charmant auquel celle-ci a préféré Shrek, incite Harold à éliminer l'ogre. Il engage le plus redoutable tueur du royaume : le Chat Potté. Le chat échoue dans sa mission, et se lie d'amitié avec Shrek. Par amour pour Fiona, celui-ci vole à la Marraine-Fée une potion qui les transforme tous les deux en humains. Mais Shrek et l'âne (devenu, quant à lui, un fringant destrier) sont arrêtés et emprisonnés par les gardes du roi. Ils ne devront leur salut qu'à leurs amis du marais. Pendant ce temps, le père de Fiona fait boire à sa fille une autre potion, qui la rendra amoureuse du premier qu'elle embrassera. Or, le Prince Charmant se fait passer pour Shrek transformé. Lors d'un bal, Fiona est prête à s'abandonner. Mais Shrek aidé de ses amis, et d'un bonhomme en pain d'épice géant, force l'entrée du château. Fiona le reconnaît. Furieuse, la marraine rend à Harold sa forme originelle (crapaud). Fiona et Shrek choisissent de redevenir ogres.