Arrivé incognito, parmi les autres détenus, à la prison de Wakefield, H. Brubaker, après quelques jours employés à observer et étudier ce qui se passe autour de lui, se révèle être le nouveau directeur réformateur nommé par le gouverneur, sur les instances de Lillian Gray, son assistante. Fort de son expérience, Brubaker se propose d'assainir Wakefield : améliorations sanitaires, suppression des sévices, inauguration d'un comité de prisonniers. Or, les prévôts (qui eux-mêmes purgent leur peine), avec Huey Rauch et D. Coombes à leur tête, ne lui facilitent pas la tâche, et voient avec inquiétude leurs prérogatives disparaître. Cependant, la situation s'améliore lentement. Jusqu'au jour où Abraham, le plus ancien « taulard », révèle que plusieurs hommes ont été tués et enterrés secrètement. Huey, principal responsable de cette affaire, profite d'une absence de Brubaker pour torturer et assassiner Abraham. Mais rien n'arrête Brubaker qui commence les fouilles. Le gouverneur lui ordonne d'abandonner ; Lillian ne le soutient plus. Les recherches aboutissent. Huey s'enfuit et est abattu. Le gouverneur prend soin d'étouffer le scandale. Il destitue Brubaker qui n'a que la satisfaction de voir son entreprise approuvée par Coombes, et de quitter Wakefield applaudi par les détenus, alors que son successeur revient au statu quo. Deux ans plus tard, Coombes et vingt-quatre prisonniers réclameront et obtiendront une réforme du centre.