1798. Les Français débarquent en Egypte. A leur tête, Bonaparte, venu apporter au Moyen-Orient la civilisation française et prouver à l'Islam l'amitié de la France; parmi eux, Caffarelli, général, lui aussi, mais surtout l'un des savants avides de découvrir la civilisation égyptienne. Après Alexandrie, Le Caire. C'est là que Caffarelli rencontre Aly puis son frère Yehia, réfugiés dans la capitale avec toute leur famille depuis l'arrivée des Français. Aly connaît déjà la culture française: les commerçants installés en Egypte depuis longtemps la lui ont révélée. Aly, d'emblée, est fasciné par Caffarelli qui se prend d'amitié pour les deux frères. La présence française en Egypte devient de plus en plus lourde. Bonaparte affirme son esprit de conquête et la violence croît. Certains Egyptiens, comme Barthélémy, collaborent avec l'occupant; d'autres, comme Bakr, le frère aîné d'Aly et Yehia, organisent la résistance. Pendant ce temps-là, le peuple, comme il peut, essaye de continuer à vivre et Caffarelli dévoile à Aly et Yehia les mystères de la chimie et de l'astronomie. En voulant s'emparer de feux d'artifice pour éblouir sa famille, Yehia meurt. L'amitié entre Aly et Caffarelli se resserre encore. A la suite d'un mouvement populaire, le laboratoire de Caffarelli est mis à sac. Aly, aux yeux de ses compatriotes passe pour un collaborateur. Bakr est fait prisonnier et Aly demande à Caffarelli d'intervenir. Plus tard, à Saint-Jean d'Acre, Caffarelli a le bras emporté. Sur sa demande, Aly vient à son chevet. Il recueille ses dernières paroles.